Історія наукової діяльності Національного інституту фтизіатрії і пульмонології ім. Ф.Г. Яновського бере свій початок у 1922 році, коли він був заснований постановою уряду України. Сьогодні інститут – головний науково-дослідний заклад в Україні з проблем фтизіатрії і пульмонології. У його структурі 13 наукових і 3 науково-допоміжних підрозділів, у яких працюють понад 100 наукових співробітниківв, у тому числі 3 лауреата Державної премії України, 1 академік і 1 член-кореспондент АМН України, 13 професорів, 22 доктори, понад 60 кандидатів наук. Власна клінічна база інституту – це 410 спеціалізованих ліжок фтизіатричного, пульмонологічного і торакального профілю. Наукові підрозділи оснащені сучасною науково-дослідною апаратурою, зокрема, для проведення діагностики захворювань органів дихання – рентгенологічними, функціональними, ультразвуковими, ендоскопічними, мікробіологічними, біохімічними, імунологічними, цитологічними і патоморфологічними методами на світовому рівні. Інститут має власну експериментальну базу для проведення досліджень на дрібних лабораторних тваринах.

   У даний час основними напрямками наукової діяльності інституту є:

• розробка нових і удосконалення існуючих способів і методів діагностики, лікування, диспансеризації і профілактики туберкульозу у дорослого населення, дітей і підлітків. Особлива увага приділяється питанням розробки інтенсивних режимів хіміотерапії, лікуванню хворих туберкульозом органів дихання, викликаного мультирезистентными штамами мікобактерій і хворих з рецидивами туберкульозу;
• розробка нових і удосконалення існуючих способів і методів діагностики, лікування, диспансеризації і профілактики неспецифічних захворювань органів дихання. Першорядна увага приділяється вивченню механізмів бронхообструкції, проблемам діагностики і лікування бронхіальної астми, хронічного обструктивного бронхіту, пневмонії, сонного апное, питанням фармакоекономіки;
• розробка хірургічних методів лікування туберкульозу і неспецифічних захворювань органів дихання, корекції важких післяопераційних ускладнень, у тому числі з використанням сучасних лазерних, ультразвукових і кріотехнологій;
• вивчення механізмів порушень імунологічної системи при різних захворюваннях органів дихання, розробка нових імунологічних методів діагностики туберкульозу й інших захворювань легень, методів імунокорекції при різних патологічних станах;
• вивчення механізмів порушень клітинного енергетичного обміну при туберкульозі;
• розробка фотогістохімічних експрес-методів діагностики туберкульозу й онкологічних захворювань органів дихання, вивчення механізмів онкотрансформації клітин;
• удосконалення методів мікробіологічної діагностики туберкульозу, виявлення й ідентифікації L-форм мікобактерій туберкульозу;
• впровадження сучасних методів мікробіологічної діагностики туберкульозу і надання організаційно-методичної допомоги профільним лабораторіям протитуберкульозних закладів України, для чого в інституті створена референс-лабораторія мікробіологічної діагностики туберкульозу;
• розробка нових методів лікарської терапії хронічної легенево-серцевої недостатності і легеневої гіпертензії, синдрому гіперкоагуляції;
• клінічне вивчення відповідно до міжнародного стандарту нових лікарських засобів (III - IV фази) і нової медичної техніки. Інститутом розроблені оригінальні лікарські препарати Теком і Теком-А, разом з Інститутом фармакології і токсикології АМН України розроблений лікарський препарат Ліпін, які випускаються чи плануються до випуску вітчизняною фармакологічною промисловістю;
• розробка науково-обгрунтованих пропозицій щодо удосконалення організації протитуберкульозної і пульмонологічної допомоги населенню України, підготовка проектів законодавчих і нормативних актів з цих проблем;
• організація і проведення з’їздів фтизіатрів, пульмонологів і алергологів України, республіканських шкіл пульмонологів, щорічних нарад головних фтизіатрів і головних пульмонологів адміністративних територій України;
• видавнича діяльність. Інститут разом з Асоціацією фтизіатрів і пульмонологов України видає "Український пульмонологічний журнал", разом з Асоціацією хіміотерапевтів України - "Український хіміотерапевтичний журнал"і разом з Асоціацією фахівців із проблем бронхіальної астми й алергії України - журнал "Астма та алергія", щорічні статистичні збірники з аналізом епідеміологічної ситуації з туберкульозу і неспецифічних захворюваннь органів дихання в Україні;
• упровадження результатів наукових досліджень у практику лікувально-профілактичних установ України, підготовка і видання методичних рекомендацій, інформаційних листів, відомчих інструкцій, нововведень;
• підготовка наукових кадрів, підвищення кваліфікації лікарів-фтизіатрів, пульмонологів, алергологів, торакальных хірургів.

Пріоритетність проведених інститутом наукових досліджень підтверджують отримані численні авторські свідоцтва і патенти на винаходи, монографії, що видані співробітниками інституту.